ปกติแล้ว คำสั่ง undo ในเมนู Edit > Undo ที่ใช้ในโปรแกรมจัดการภาพอื่นๆ เช่น Photoshop หรือ paintbrush เพื่อเรียกคืนภาพ (image) ที่มีการแก้ไข ให้ย้อนกลับไปยังภาพก่อนหน้านั้น มีข้อจำกัดสำหรับโปรแกรม ImageJ คือ ไม่สามารถใช้คำสั่ง Undo เมื่อมีการปรับภาพหรือวัดภาพด้วย Tool บางชนิดได้ จึงควรสำรองภาพต้นฉบับไว้ด้วยเสมอ เพื่อป้องกันการเผลอกด save ภาพที่มีการเปลี่ยนแปลงและไม่สามารถคืนกลับได้ด้วยคำสั่ง Undo
ถ้าไม่ได้สำรองภาพต้นฉบับเก็บไว้ก่อน เมื่อใช้ Tool บางชนิดแล้วทำให้ภาพต้นฉบับเปลี่ยนแปลงไม่สามารถใช้คำสั่ง undo คืนกลับไปยังภาพก่อนหน้าได้ ให้ดำเนินการ 2 วิธี คือ
1. กรณี ต้องการบันทึกไฟล์ภาพที่มีการเปลี่ยนแปลง ให้ใช้คำสั่ง Save as….
2. กรณีไม่ต้องการบันทึกภาพที่มีการเปลี่ยนแปลง ให้ปิดไฟล์ภาพนั้นไปโดยไม่ต้อง Save ไฟล์ภาพที่เปลี่ยนแปลงนั้น
เงื่อนไขของภาพถ่ายที่ได้จากกล้องจุลทรรศน์ที่จะนำมาวัดขนาดวัตถุบนภาพ ไม่ว่าจะเป็น กล้องจุลทรรศน์ชนิดเชิงเดี่ยว/เชิงซ้อน กล้องจุลทรรศน์สเตอริโอ หรือ กล้องจุลทรรศน์อิเลคตรอน ก็ตาม ต้องมีแถบสเกลระบุความยาวจริง (marker scale) หรืออัตราส่วนกำลังขยายของภาพอยู่ในภาพด้วย เพราะจำเป็นต้องมีการเปลี่ยนระยะความยาวจริงบนภาพให้เป็นหน่วยพิกเซล (pixel) ในโปรแกรม ImageJ ภาพที่ไม่มีการระบุสเกลจริงของภาพจะใช้โปรแกรม image J วัดความยาวหรือขนาดพื้นที่ตามจริงไม่ได้
ก่อนใช้ measure tool วัด ต้องปรับเทียบหน่วยความยาวบนภาพ จาก pixel เป็น หน่วยความยาวที่ใช้ในการวัดก่อน ดังนั้น ขั้นตอนการวัดแบบพื้นฐาน มี 4 ขั้นตอน คือ
1. เปิดไฟล์ภาพที่มีการระบุอัตราส่วนกำลังขยาย (Marker scale) บนภาพ
2. ปรับเทียบหน่วยความยาวบนภาพ จาก pixel เป็น หน่วยความยาวที่ใช้ในการวัด
3. เลือก Measuring tool ที่เหมาะสมกับการวัด
4. บันทึกผล
